جوهر لیمو را می توان از تمام مرکبات و برخی سبزیجات نیز بدست آورد اما موضوعی که وجود دارد این است که تقاضا برای جوهر لیمو بیشتر از مرکبات موجود می باشد و همچنین تولید جوهر لیمو از این نوع مواد طبیعی هزینه بیشتری نیاز دارد. به همین علت می توان گفت که بیشتر اسیدهایی که در ترکیبات خوراکی ها استفاده شده است از تخمیر قند بدست آمده نه از مرکبات. درواقع برای تولید جوهر لیموی بیشتر نوعی قارچ به نام Aspergillus niger که معمولا برای داروسازی مورد استفاده قرار می گیرد و از شکر تغذیه می کند را پرورش داده و سپس به یک محلول مایع تبدیل می کنند. محلول بدست آمده را با هیدروکسید کلسیم که همان آهک است مخلوط نموده و نمک سیترات در این محصول رسوب می کند. از این سدیم سیترات ته نشین شده که با اسید سولفوریک ترکیب می کنند برای تولید اسید سیتریک یا همان جوهر لیمو استفاده می گردد. قندهایی که در تولید جوهر لیمو استفاده می شوند نیز می توانند از ذرت، نیشکر یا گندم تهیه شوند. در کشورهایی مانند آمریکای جنوبی به علت پایین بودن قیمت شکر و نیشکر معمولا از آن ها برای تولید جوهر لیمو استفاده می گردد. اما در اروپا به طور معمول از گندم و در ایالات متحده نیز اغلب از ذرت جهت تهیه اسید سیتریک یا جوهر لیمو بهره می گیرند.